Malte offre un cadre d’apprentissage neutre dans lequel même des sujets politiquement sensibles peuvent être abordés de manière constructive. Localisé en Méditerrané, Malte est facilement accessible pour les participants en provenance d’Afrique, du Moyen-Orient et d’autres régions. L’IIJ est actuellement situé dans le campus de La Valette de l’Université de Malte. La construction du campus de La Valette a été initiée en 1595 par Grand Maître Martino Garzes, et son extérieur a été reconçu dans un style baroque en 1647. L’IIJ organise la majorité de ses programmes dans ce bâtiment de l'Université qui a la capacité d’accueillir 60 personnes dans les salles de conférence principales, ainsi que des groupes plus petits dans des salles attenantes. Le Gouvernement de Malte a offert un bâtiment historique à l’IIJ comme domicile permanent. L’IIJ sera logé dans l’Armurerie, située dans la ville de Birgu. L'Armurerie a été construite au milieu du XVIe siècle et a été utilisée par les Chevaliers de Malte pour le stockage des munitions. Elle a également temporairement servi comme hôpital pendant le Grand Siège de 1565. Les bureaux de l’IIJ seront relogés dans l’Armurerie de Birgu après l'achèvement des travaux de rénovation.